B3リーグは6月8日、2016－17シーズンのB2リーグを戦った東京エクセレンスと鹿児島レブナイズのB3入会を発表した。
22勝38敗の成績を収めてB2中地区5位でBリーグ初年度を終えた東京EX。しかし、Bリーグのクラブライセンス制度における「3000席以上の観客席を有する」というB2のホームアリーナの要件を満たしておらず、シーズン途中にB2ライセンス不交付が決定した。
一方の鹿児島は財政難による運転資金不足などが問題視され、B2ライセンス不交付が決定。募金活動やクラウドファンディングの実施、スポンサー獲得により、3月から5月に発生した会場費などの支払いを終了させ、クラブ消滅の危機を乗りきった。
なお、今季のB3を戦ったライジングゼファーフクオカと金沢武士団はB2に自動昇格する。